粮食局协议拆迁的合法性有所争议，这主要涉及到土地的使用权和公民的财产权等问题。
首先，在我国的土地制度中，土地是国家所有，使用权分为国有土地和集体土地两种。对于拆迁中涉及到的国有土地，政府拥有强制征收的权力，但需要按照法定程序和合理补偿制度进行操作。而对于集体土地，政府要依靠相关部门与村委会等组织展开谈判，征收时涉及到的农民应当充分参与，确保其权益。
其次，协议拆迁需要经过充分的协商和合意，而各方权益也应当得到保障。此时，需要注重制定明确的协议条款，明确双方的权利和义务。例如，协议中应当注明拆迁时间、拆迁范围、建设用途以及拆迁补偿等具体内容，确保对拆迁方的经济利益和社会待遇得到保障。
然而，实际操作过程中，政府和房地产开发商为获得经济利益，往往会压低补偿标准、不合理征收等行为屡见不鲜。这时，相应部门和社会公众应当起来维护拆迁方的合法权益，防止强行推行拆迁而对公民的财产权造成损害。
综上所述，粮食局协议拆迁在合法性方面需要考虑与权利的平衡，需符合相关法律法规以及公民的合法权益需要受到充分尊重和保护。
