第二次协议申请离婚需要注意以下几点：
1. 了解法律规定：在进行协议离婚的过程中，有些法律规定需要了解，比如财产分割、孩子抚养权、探视权等，必须遵守法律规定才能进行离婚。
2. 协商沟通：双方需要进一步沟通，如果有争议需要寻找更为公正的途径进行调解或者协商解决，直到达成协议为止。
3. 协议书的撰写：双方达成协议之后，需要对协议进行书面整理，合法有效的协议书是双方离婚的证明，协议书中需要包含离婚协议内容和相关约定。
4. 离婚协议的签署：在双方协商一致，达成协议后，需要在公证处办理公证手续，签署离婚协议；公证处将审核申请人签署离婚协议的真实性和合法性，并对其进行公证存档。
5. 法院的审核：完成离婚协议的整理和签署之后，需要到相关法院审核，法院会根据实际情况对双方离婚协议所包含的权益进行审核，审核通过方可正式离婚。
总之，在进行协议离婚时，需要双方之间加强沟通和协商合作，尽量避免出现一些纠纷和争议的情况。双方应该相互尊重和信任，严格遵守法律和规定，完成离婚程序。
