根据我了解到的法律规定，协议离婚后分居两年是有效的。
首先，协议离婚是指双方经过协商，在不依法办理离婚诉讼的情况下，达成离婚协议并向民政部门进行登记手续。相比于诉讼离婚，协议离婚具有速度快、程序简单、费用低等优点。这种离婚方式在现代社会中越来越流行，也越来越被大家所接受。
其次，协议离婚后，离婚协议生效后就意味着双方不再是夫妻关系。这也就意味着，双方要分开居住，无法合法继续共同生活。此时，若夫妻双方暂时不想办理诉讼离婚，可以选择分居两年以上，随后再申请法院给予离婚判决。这种做法是完全符合法律规定的，也不会影响协议离婚的效力。
最后，要注意的是，在协议离婚后分居两年期间，夫妻双方都应该严格遵守离婚协议中的约定，保证不会有违法行为发生。此外，要注意维护好子女的合法权益，确保子女的正常生活和成长。
综上所述，协议离婚后分居两年是有效的。当然，若双方分居期间出现特殊情况，比如参与抚养孩子的一方未能履行义务，导致事实发生了改变，诉讼离婚的时效也会受到影响。总之，在进行离婚协议和分居过程中，一定要时刻关注法律规定，遵守法律规范，以维护自身权益为重。
