自建房拆迁协议在某些情况下是有效的，但在一些情况下则可能无效或存在争议。
首先，协议的有效性取决于协议的签署过程是否符合法律规定。例如，如果协议是通过威胁、欺骗或强制签署而得到的，则协议可能无效。
其次，协议的有效性也取决于它是否符合相关法律规定。例如，一些地方的拆迁补偿标准是要求以政府补贴为主，而一些自建房拆迁协议可能只涉及了土地使用权费用的补偿，这时它就可能无法得到政府的审批或通过法律程序有效。
此外，协议的有效性还可能受到当地政府政策和法律规定的影响。例如，在某些地区，自建房拆迁协议必须得到当地政府和有关部门的批准和监管。如果协议没有得到相应的批准和监管，则其有效性可能受到质疑。
总之，自建房拆迁协议是一项复杂的法律问题。在签署协议之前，请确保自己了解相关的法律规定和政策，以避免可能的争议和风险。如果不确定，请咨询专业律师的意见。
