拆迁协议是指政府在进行城镇化建设、改善居民生活等原因下，将某些房屋进行强制征收，并与房屋所有人签订的一份协议。这份协议中规定了拆迁赔偿的具体内容，包括赔偿标准、人民币数额等等。
而房屋契税则是一种税费，是指购买房屋时需要缴纳的一笔税款，其计算依据为房屋的总价值。因此，拆迁协议和房屋契税彼此独立，不能相互抵扣。
如果一份拆迁协议中确实包括了某些赔偿款项，如搬迁费、过渡费、补偿款等等，这些款项通常是指定用于特定目的的，如购买新房、还清房屋贷款等等。如果资金用途不明确或被转移，相关部门会进行追缴，根据不同情况对相关责任方进行处罚。因此，必须要清楚明白地知道拆迁协议的具体内容和资金用途规定，以避免违规行为。
总之，拆迁协议和房屋契税是两个不同的概念，在现实中也不能相互抵扣。因此，在进行房屋投资和拆迁赔偿等相关业务时，应详细了解相关法律法规，确保合法合规。
