协议离婚分居后的手续需要按照《中华人民共和国婚姻法》中相关规定进行操作。下面是具体操作流程：
1. 双方落实协议离婚的内容，并签署书面离婚协议；
2. 前往当地婚姻登记所申请办理离婚登记手续。需要准备的材料：离婚协议书、身份证、户口簿、结婚证等。具体材料细节以当地婚姻登记所及相关法规而定；
3. 婚姻登记所在收到申请后，经审核确认无误，发放离婚证书或离婚协议书并将离婚信息记录在婚姻登记档案中。
需要注意的是，离婚登记后离婚手续就已经完成了，双方＂鱼水情缘＂完全断开，除少数情况外，离婚以后只能通过再次结婚来恢复姻缘。
此外，协议离婚分居后还需要关注以下问题：
1. 子女抚养与财产分割，需要根据双方协议或法院的判决来处理；
2. 如果离婚协议涉及财产分割，需要依据法定程序进行公证。公证机关将成为权利的执行者，起监督、维权作用。
总之，协议离婚分居后，要及时落实婚姻法规定的手续和程序，更重要的是要保持理性、妥善处理通过离婚协议发生的其他问题。
