分居协议和离婚手续是两个不同的概念。分居是指夫妻暂时分开，但没有离婚，而离婚则是指夫妻以法定程序结束婚姻关系。如果夫妻已经分居了，并且双方都希望离婚，他们需要遵循以下步骤：
1. 到当地的婚姻登记处申请离婚。双方要先商量好离婚协议，如财产分配、监护权、抚养责任等，然后填写离婚登记表格，提交相关证件，缴纳手续费。
2. 在婚姻登记处办理完离婚登记手续后，双方要等待一段时间（通常是三个月），让任何一方有机会反悔。如果另一方没有反对，或者等待期已过，申请人可以继续以下手续。
3. 如果夫妻之间无法就财产分配、子女抚养等问题达成协议，可以向法院提起诉讼，由法院根据相关法律进行裁决。
4. 如果双方已经达成协议，可以在当地人民调解委员会或律师的帮助下起草离婚协议书，双方签字，由公证处公证。
5. 最后，双方到婚姻登记处领取离婚证明即可。
分居协议可以帮助夫妻更好地管理分居期间的财产、子女抚养等方面的事宜。分居协议应该包括以下内容：
1. 分居的原因及时间。
2. 子女的探视、抚养和教育。
3. 夫妻财产分配。
4. 债务偿还。
5. 离婚时的约定（如监护权、抚养费等）。
分居协议应由双方协商签署，最好由专业律师审查。如果在分居期间双方无法达成一致，可以向人民调解委员会或法院提出诉讼，法院可以根据相关法律做出判决。
