如果上海拆迁协议丢失了，需要及时采取措施，避免对后续的拆迁、赔偿产生影响。以下是具体的处理步骤：
1. 向当地的拆迁管理部门咨询，说明协议丢失的情况，并查询是否有备案的资料。拆迁管理部门可能会要求提供相关证明文件，如身份证、户口本等。
2. 如果拆迁管理部门无法提供备案资料，则需要通过法律途径解决。通过律师起草授权委托书，委托律师代理处理丢失协议的事宜，并通过法院提起诉讼，要求确认协议内容和权益。
3. 尽快与拆迁管理部门、相关单位和人员取得联系，缺失的协议需要重新制定和签署，以保障双方的权益和利益。
4. 在重新签署协议前，需要核实相应的拆迁补偿标准和计算方式，并咨询专业人士，了解赔偿内容和赔偿金额是否合理。
总之，如果上海拆迁协议丢失了，需要尽快与有关部门、律师取得联系，采取积极措施来解决问题，以保持自身的合法权益不受损失。同时，也提醒广大市民，要保存好自己的拆迁协议和复印件，并定期复查。
