首先，怀孕不离婚分居协议一定要经过双方沟通协商，制定出适合双方的方案，同时保障孩子的权益。
协议的主要内容应包括以下几个方面：
1. 分居住所：协议中应明确夫妻分居后的住所问题，包括是否需要购买新房、租赁房屋、父母家等等。
2. 财产分配：对于夫妻在分居后的财产分配问题，应明确如何分割共同财产、婚前财产以及各自的收入、负担分配问题等。
3. 抚养孩子：协议中必须要明确对孩子的抚养问题，包括孩子生活的费用、监护、教育和财产分配等等。
4. 探视和沟通：协议中应明确夫妻之间的探视和沟通方式，以保障孩子的健康成长，并同时考虑到夫妻双方的工作、休息时间等。
5. 协议效力与变更：协议制定后，应明确协议的法律效力，并在需要修改时，应协商并制定相应的变更协议。
最后，怀孕不离婚分居协议的制定应该由专业律师协助，以保障其合法有效性。
