协议离婚是指夫妻自行协商离婚，不需要通过法院审查的一种离婚方式。然而，若协议离婚中涉及子女抚养、探望等问题，则需要经过法院的认可，方可生效。
如果协议离婚中孩子不在，那么夫妻双方应该积极寻找孩子的下落。可以通过以下几种途径：
首先，联系孩子亲属及朋友，了解其行踪。如果联系不到，可以向警方报案寻人，尽力寻找孩子下落。
其次，如果找到孩子，协议离婚的夫妻双方应当在协议离婚协议中约定关于孩子的抚养、教育等事宜，并在离婚协议中附带孩子的名字、信息等。
最后，如果无法找到孩子，夫妻一方可以向法院提出离婚诉讼，并在离婚诉讼中申请子女的抚养、探望等事宜。法院将依法处理离婚诉讼，既保障夫妻双方的利益，也保障子女的权益。
总之，在协议离婚中，如遇子女不在的情况，夫妻双方要积极寻找孩子下落，并坚持通过合法途径解决孩子的抚养、教育等问题，保障子女权益。
