协议离婚指的是夫妻双方通过友好协商的方式达成离婚协议，并由民政部门予以认证，协议离婚后房产证的分配问题也需要在离婚协议中做出具体规定。
首先需要明确的是，夫妻共同拥有的房产，在协议离婚后应该如何分配？根据我国《婚姻法》的规定，夫妻共同财产包括：婚后各自取得的收入、房产、存款、股票等财产。如果夫妻双方协议离婚，判决离婚或者准予离婚，应该对共同财产进行平分或者由一方赔偿另一方的方式进行分割。
协议离婚后，夫妻双方可以根据房产所在地的实际情况，选择合适的分配方案。例如，对于夫妻共同购买的房产，可以选择根据资金投入比例进行分配；如果房产是一方先购买并在婚后被另一方出资参与了装修或者扩建，可以通过估价和平分的方式进行分配；如果房产是婚前一方拥有，离婚后应该予以退还并不作分配处理。
此外，在协议离婚中，夫妻双方需要注意的是：应该尽量减少财产分配方案中的争议，避免出现过多的法律诉讼，维护良好的离婚关系和亲情关系是最为重要的。另外，离婚协议中的条款应该尽可能详细，避免因为分配不当而导致争议产生。
总之，协议离婚后房产证的分配问题应该具体根据双方的实际情况进行分配，并且所分配的方案应该在离婚协议中明确规定。同时，双方应该做好心理准备，保持理智和冷静，尽量避免因为分配问题而导致离婚关系进一步恶化。
