在离婚后公租房的协议分配中，需要根据不同的情况进行处理。如果双方都是公租房的名义申请人，则需要根据实际居住情况，通过协商或者法律途径来分配公租房的使用权，以确保每个人都有一个合理的住所。如果只有一方是公租房的名义申请人，则需要根据夫妻之间的协议或者法律规定，对公租房的分配进行处理。
在协议分配过程中，应考虑以下因素：
1. 实际居住情况：如果双方都已经离开公租房，那么公租房可以通过申请调换的方式进行分配。如果一方仍然需要居住，那么可以协商由其中一方继续居住，同时支付相应的租金。
2. 财产分配：离婚时需要将夫妻共同财产进行分割，公租房也需要纳入其中。如果双方都有贡献，可以按照贡献程度来分割租房权。如果只有一方是名义申请人，那么可以划分一定的赡养费用和维护费用。
3. 合法性问题：在处理公租房分配时，需要考虑到合法性问题。如果双方都没有法定继承权，则需要进行法律诉讼，由法院进行维权。
总之，离婚时公租房的协议分配需要根据夫妻之间的情况进行处理，既要考虑到双方的实际居住需要，也要保证分配的合法性和公正性。最好在分配前制定明确的协议或者咨询专业律师的意见，以避免后续矛盾的发生。
