当父母没有结婚证并且分居的时候，抚养权的判定可能比较困难。这个时候，如果没有达成明确的协议，法院一般会根据孩子的利益来做出决定。
首先，法院通常会考虑孩子的年龄和需要。比如说，对于年龄较小的孩子，法院可能会倾向于判给母亲，因为母亲更有可能提供婴幼儿所需的照顾和照顾。
其次，法院可能会考虑父母对孩子的贡献。如果父亲在孩子的生活中扮演了更积极的角色，例如花更多的时间和孩子在一起，那么法院可能会将抚养权判给父亲。
最后，法院还会考虑父母的生活和工作安排。如果母亲有更灵活的工作，能够更好地协调照顾孩子和工作，那么法院可能会将抚养权判给母亲。
不过，最后的判决仍然视具体情况而定，而且如果婚姻法院发现孩子有一方亲属或家庭关系特别亲近的人愿意承担抚养孩子的任务，或者法定事实关系及其父或母需要承担特别的责任和义务，法院可以判决特别的抚养方式。因此，在没有结婚证的情况下，如果不能够就抚养权达成协议，则需要通过法律程序来解决。
