房屋拆迁协议在存档的过程中需要遵守国家有关规定，在实践中，相关文书的存档主要有以下几种方式:
1.存储在相关单位内部档案室中。由于拆迁协议直接涉及到城市规划以及土地政策等领域，因此在城市规划部门或是地产公司所属的拆迁办公室内部，这些文书的存档是必不可少的，通过内网进行审核存放，方便管理和维护。
2. 存放在地方政府的规划部门，此方式不仅起到了保护党和国家的重要法律原则，同时也便于实施相关政策并对各方进行监督。
3.在法院进行存档，如果产生纠纷与法律程序的必要时，房屋拆迁协议也可在法院存档以便更好地维护权益。国家法院要求较高，保守严谨，慎之又慎。
4. 在拆迁补偿方面，还需要在有关部门、金融机构存档。比如，在房屋拆迁补偿的过程中，相关金融机构需要储存相关协议文书，以便于方便核算赔偿费用。
总之，房屋拆迁协议的存档是必要的，也是非常严谨的，必须要遵循相关规定进行妥善存放，以免产生争议或错误的操作，给双方带来损失。因此，必要的措施和制度需要进一步落实，这样才能有效地保护每一个当事人的权益。
