房屋拆迁协议通常会被存档，这是确保双方利益的重要途径。协议一般由拆迁方和被拆迁方签署。一旦签署后，双方应当各自保存协议原件。一般来说，拆迁方会将协议复印件送交到相关部门备案，被拆迁方可以到政府有关部门核实协议内容。
房屋拆迁协议的存档对于双方以后的争议解决有着重要的作用。如果发生争议，一方可以通过存档的协议来证明自己的要求和诉求。因此，存档是保障合法权益的关键之一。
但是需要注意的是，房屋拆迁协议的存档并不意味着一定会受到国家法律保护。如果协议内容与法律法规相冲突，那么法律法规的规定将优先适用。因此，在签署协议前，双方必须仔细阅读协议内容，了解相关法律法规，确保协议与法律一致，以免造成不必要的损失。
总之，房屋拆迁协议有存档，存档对于维护双方权益非常重要，但是仅存档还不够，更重要的是协议是否符合法律法规的规定，保障双方公正合法。
