公司是否能否认离婚协议的有效性主要取决于协议签订时的合法性和合同规定的内容。如果协议签订时未经双方当事人自愿、平等、自主的协商达成，而是强制或者利用欺骗等手段强迫当事人签订，这种协议是无效的，不发生法律效力。此外，如果协议的内容违反了国家法律、法规或者公序良俗，那么也应该被法律视为无效。
如果公司认为协议没有合法性或者违反法律规定，则需要通过诉讼或者其他法律程序来维护自己的合法权益。在诉讼中，公司需要证明协议不合法或者违反法律规定，并请求法院判定协议无效或者作为证据使用。在法律程序中，公司需要根据相关法律、法规来采取不同的法律手段，比如通过起诉、申请仲裁、申请撤销等方式来维护自己的权益。
总之，公司如果认为离婚协议无效，需要充分考虑协议签订时的合法性和协议规定的内容。如果协议存在违法、无效等问题，需要及时采取法律行动来维护自己的合法权益。
