离婚协议是离婚程序中的一项法定程序，协议内容必须符合国家法律法规，并经双方协商一致签订，才能取得法律效力。因此，一旦签订了离婚协议，双方都必须遵守协议的约定内容。如果双方一方不履行离婚协议的约定，另一方可以依法向法院提起诉讼，并要求追究其法律责任。
公司作为一方把离婚协议提交到法院，是意味着其承认和接受协议内容的法律约束力。因此，公司否认离婚协议违法是不合法的。如果公司一方有违反离婚协议的行为，另一方可以向法院提起诉讼，要求对其进行追究法律责任。根据相关法律规定，违反离婚协议的一方可能被判决赔偿经济损失、返还财产等。
总之，离婚协议是一项法定程序，必须遵守法律法规并经双方协商一致签订方可取得法律效力。如果公司一方否认离婚协议的法律约束力，其行为是不合法的。如果违反离婚协议，另一方可以向法院提起诉讼，要求追究其法律责任，并要求其赔偿经济损失。
