在离婚诉讼中，当双方达成协议并提交给法院后，法院会对协议内容进行审查，判定其是否合法有效，如果发现协议存在以下情况，法院可能会认定协议无效。
1. 违反法律规定：如果协议内容违反了我国法律规定，例如规定离婚财产应该平分，而协议中约定一方拥有全部财产，则此协议就会被认定为无效。
2. 违反公序良俗：如果协议内容违反了社会公共道德或公序良俗，例如约定夫妻离婚后，一个人可以拥有孩子的抚养权而另一个人没有见孩子的权利，则此协议也会被视为无效。
3. 双方协商不公：如果协议在达成的过程中，一方利用自身优势，欺诈、胁迫另一方产生不平等的协商，例如通过暴力威胁达成的协议，也会被认定为无效。
一旦法院认定协议无效，离婚案件将进入开庭审理程序，法院会依法判决离婚及财产分割等事宜。此外，离婚协议中还应该注意到的问题包括：协议应当具有明确性、自愿性、真实性等基本要素。为了避免协议无效，建议当事人在达成协议前，应咨询专业律师，认真了解相关规定，合理协商达成符合法律规定的协议。
