脑炎是一种影响大脑功能的疾病，患者可能会出现意识障碍、认知能力下降等症状，这种情况下，是否可以进行协议离婚呢？
首先，根据中国《婚姻法》的规定，夫妻双方都必须自愿离婚，不得用强制手段逼迫对方离婚。如果患者的脑炎病情已经影响了其意识和认知能力，那么他可能无法理解离婚的意义和后果，也无法做出明智的决定，此时进行协议离婚显然是不可行的。
其次，即使患者的脑炎病情还没有达到严重影响认知能力的程度，也需要考虑其精神状态是否稳定和能否做出理智的决定。如果患者的情绪波动比较大，或者容易受外界影响，也应该谨慎进行离婚协议，避免患者的利益受到影响。
最后，需要注意的是，对于涉及家庭、婚姻、财产等方面的纠纷，可以尝试采取调解、仲裁等方式解决，但是在任何情况下都不应该用威胁、伪造、欺骗等手段逼迫对方达成协议，更不能侵害患者合法权益。
综合来看，脑炎患者离婚需要遵循合法、自愿、公平、公正的原则，如果患者的病情已经影响了其自主意识和决策能力，应该等到其病情稳定后再进行离婚协议，或者由家庭成员或法定代理人代表其进行协议。
