申请协议离婚的流程主要包括以下几个步骤：
第一步：准备材料
申请协议离婚需要准备夫妻双方的身份证、户口本、结婚证、住房证明、两份协议离婚协议书等材料。
第二步：登陆司法部门网站
登陆司法部门网站(http://www.moj.gov.cn/)，按照要求填写相关信息，并上传准备好的材料。
第三步：支付费用
完成信息填报和材料上传之后，需要支付申请协议离婚的手续费用。费用标准根据当地的不同而有所不同，通常在200-300元左右。
第四步：等待审理
支付完手续费用后，申请人需要等待司法部门对其申请进行审理和处理。期间，可能需要对材料进行补充、修改、完善等操作。
第五步：领取离婚证书
经过司法部门审理后，协议离婚协议书递交到户籍所在地婚姻登记机构复核登记，经过审核后即可依法领取离婚证书，正式完成协议离婚手续。
总之，申请协议离婚的流程相对来说较为简单，申请人只需要正确准备材料，登陆司法部门网站填报申请，支付费用，等待审理，最后领取离婚证书即可。但是需要注意的是，每个地区的实际操作流程可能会稍有不同，申请人需要根据当地的具体要求和规定来进行操作。
