对于协议离婚时有三个小孩的情况，应当根据法律规定进行处理。首先，离婚双方应当保持冷静，尽量减少对孩子的伤害，同时要协调好孩子的抚养权和监护权。其次，离婚协议中应当明确约定孩子的抚养和教育问题，包括抚养时长、抚养费用及支付方式、监护人、探视时间等。第三，协议离婚时还应当明确孩子的财产问题，特别是房产、存款、保险等资产的归属问题。
在协议离婚过程中，双方可以通过律师协商达成满意的协议，也可以通过法院审判来解决争议。无论采取何种方式，都要以孩子的利益为最高原则，保障孩子的权益，保证孩子的健康成长。最后建议离婚双方要加强沟通，尊重对方的意见和权利，理性解决问题，减少耗时和心理上的消耗。
