变更离婚协议的公证是需要在司法机关进行的。一般来说，可选择去当地的公证处或者法院进行公证。根据《中华人民共和国婚姻法》第三十二条规定，夫妻双方协议离婚，应当以书面形式订立协议书，并在人民法院进行调解后，由当事人向婚姻登记机关申请离婚登记。因此，在变更离婚协议时，应当先将协议书修改完善后，再向当地的人民法院进行调解，确定协议的合理性和合法性，最后再进行公证。
公证处或法院对协议的变更进行公证时，需要出具公证书。公证书具有法律效力，能够证明协议的合法性和真实性。在调解的过程中，法院或公证处也会对协议进行审查，以确保协议的合理性和合法性，尤其是对财产分配、子女抚养等方面进行细致的审核。
总之，变更离婚协议的公证是一项非常重要的法律程序，能够确保协议的合法性和真实性，保护夫妻双方的权益，避免出现不必要的法律风险。因此，在进行协议变更时，应当注意选择正规的公证处或法院进行公证，以确保公证的结果是合法有效的。
