是的，即使一份婚姻案件已经正式立案，双方仍然可以选择协议离婚。即使一对夫妻最初已经决定要通过法院解决他们的婚姻纠纷，但这并不意味着他们必须在案件开始后就继续互相对抗。协议离婚是指夫妻双方在立案后就达成一致，自愿地解决他们之间的所有问题，而不需要经过长时间的诉讼。协议离婚适用于几乎所有类型的婚姻案件，包括财产分割、抚养权、探视权以及赡养问题等。协议离婚的好处在于，这种方式比传统诉讼方式更加快捷、灵活，而双方也可以更好地维护自己的权利和利益。另外，协议离婚后，对离婚协议的执行也更容易，因为双方都已经同意了条款和条件。
当然，要达成协议离婚需要双方都诚实、透明，且有积极的沟通能力。如果双方不能就所有问题达成一致，就必须通过法院诉讼解决，这会导致更长时间的离婚过程和更高的费用。总之，协议离婚是一种非常可行的离婚方式，如果双方都同意的话，可以减少婚姻纠纷带来的痛苦和压力。但需要注意的是，这种方式需要婚姻双方都有认真审慎、合理的考虑，才能达成合适的离婚协议，保护好双方的权益。
