长期分居申请离婚协议，需要遵循相关的法律程序和规定。首先，双方需要达成共识，决定离婚并签署协议书。在签订离婚协议书之前，双方需要就财产分割、子女抚养等相关事宜进行协商，并达成一致意见。
离婚协议需要包括双方同意离婚的意愿，对财产分割、子女抚养等具体事项的解决方案，以及辅助协议、证人证明等附加文件。离婚协议书签署后，双方需要将其提交到当地人民法院进行审定，并依据法院的要求补充相关材料。
人民法院审定离婚协议书时，需要确认其内容是否符合法律规定，并根据实际情况作出裁决。如果离婚协议书的内容合法有效，法院则会裁定双方离婚，并发出离婚证书。
总之，长期分居申请离婚协议需要双方共同协商，签署协议书并提交到当地人民法院进行审定，遵循法律程序和规定，才能最终完成离婚手续。
