修改离婚协议不公正并不能百分之百保证其有效性，要视具体情况而定。若是双方自愿修改协议，并已达成一致意见并签署协议，则该协议是有效的。但如果修改后的协议仍存在不公正之处，而其中一方在签署协议时并非出于真实自愿，或因对方欺诈、胁迫、威胁或恶意行为等因素而签署，那么该协议仍然可能被认定为无效。
为了保证修改后的协议有效，建议双方在修改前了解相关法律规定，并尽可能在公正的情况下进行修改和签署。如果发现协议不公正，则建议咨询专业律师，评估是否需要向法院申请撤销或重新修改协议，并保护自己的合法权益。
最后，需要注意的是，离婚协议一旦签署就具有法律效力，因此在签署前应认真考虑，避免将未来的权益轻易放弃或赌气回避困难。只有通过合理、公正、充分地协商，才能达成符合法律规定和双方利益的离婚协议。
