军人协议离婚属于行政诉讼范畴，由双方向军队法院提出申请，经过军队法院审理后发出判决书。因此，在军人协议离婚案件中，需要向当地的军队法院提出申请。
根据《中华人民共和国军队法院组织法》的规定，军队法院按照组织分为军区、总部和大军区法院。军人协议离婚案件一般由当地的大军区法院或是军区法院受理。
一般情况下，军人协议离婚如有任何争议或纠纷需解决，需先通过协商或仲裁解决，若仲裁不成，则需要向军队法院提起诉讼，由军队法院作出裁决。在审理此类案件时，军队法院会根据相关法律法规，考虑到军人特殊性质，特别是家庭分离的情况下，保护双方合法权益，尽量做到公正公平。
因此，军人协议离婚案件需要向军队法院提起诉讼。当然，在实际操作过程中，双方应当寻求专业咨询，依法依规处理离婚纠纷，确保双方权益得以维护。
