分居协议是夫妻双方经过充分协商达成的一种约定，主要是为了在婚姻矛盾出现时避免冲突的发生，保护双方的利益。然而，即使签订了分居协议，夫妻双方仍有可能会决定离婚。那么，分居协议后起诉离婚是否有效呢？
首先，需要明确的是分居协议本身并没有法律效力，它只是一种双方自愿达成的协议。因此，如果夫妻双方决定离婚，分居协议并不能阻止离婚的进行。
其次，在离婚诉讼中，法院仍然会以民法婚姻法律的规定为基础进行裁决，而不会完全按照分居协议的约定。因此，在分居协议约定与法律规定产生冲突时，法院通常会以法律规定为准。
最后，如果夫妻双方在分居协议中约定了离婚的条件和程序，那么这些约定可以作为离婚诉讼的证据。但是，如果夫妻双方在分居协议中没有约定离婚的条件和程序，那么在离婚诉讼中，法院还是会按照法律规定进行裁决。
综上所述，分居协议可以在一定程度上保护夫妻双方的利益，在离婚诉讼中起到一定的作用。但是，在实际操作中，夫妻双方还是应该优先考虑法律规定，以免分居协议因不符合法律规定而失去效力。
