离婚协议是夫妻自愿协商，达成的协议文件，经过司法认证后具有法律效力。如果离婚协议三年后需要进行办理，可以通过以下方式进行：
1.前往当地的司法部门咨询
如果当事人不清楚自己应该如何处理离婚协议的事宜，可以直接前往当地的司法部门咨询，例如法院、人民调解委员会或律师事务所等。在咨询过程中，当事人可以向工作人员询问如何准备相关材料，何时进行相关手续，以及需要支付哪些费用。
2.办理离婚协议的变更手续
如果离婚协议中的内容需要进行变更，当事人可以向当地的司法机关申请办理变更手续。变更手续通常包括提交书面的申请文件、提供相关的证明材料，以及缴纳相关的费用。
3.办理婚姻登记的注销手续
如果当事人需要注销婚姻登记，可以向当地的民政部门进行申请。注销手续通常包括提交书面的申请文件、提供相关的证明材料，以及缴纳相关的费用。
4.重新起草离婚协议
如果离婚协议中的内容与当事人的实际情况已经不符，当事人可以重新起草离婚协议，并在当地的司法机关进行认证。重新起草离婚协议时，当事人需要考虑到夫妻共同财产的分配、子女的抚养和赡养问题等。
总之，离婚协议三年后需要进行办理时，当事人可以根据情况选择合适的方式进行处理。无论何种方式，都需要遵循相应的法律规定，确保所有办理手续的合法性和有效性。
