法院变更离婚协议内容需要经过以下的程序：
首先，离婚协议要由当事人签订并提交给法院，法院要对其进行审核，确认离婚协议双方真实意思表示。如果发现离婚协议中的内容存在不合法、不公正等问题，法院会提出异议，要求当事人修改协议内容直至达成合法、公正的协议。
其次，如果离婚协议已经生效，但是在一段时间后当事人认为协议中的某些条款存在争议或需要变更，可以向法院提出变更申请。法院会对申请进行审查，确认申请的合理性和必要性，有可能会要求当事人提交相关证据，以便法院进行判断。
最后，法院会根据变更申请的内容及相关证据作出判决，确定协议是否需要变更，具体变更的内容如何修改。如果其中一方对变更决定不满意，可以向上一级法院提起上诉。
总的来说，法院变更离婚协议内容需要经过一定的程序，并需要充分考虑当事人双方的权益，尽量让协议内容达到公正、合法的目的。同时，当事人在签订离婚协议时也应当认真考虑协议内容，避免后续出现争议。
