分居协议是指已婚夫妻双方协议分居一段时间，达成一些问题解决方案的文书。分居协议不等于离婚协议，离婚协议则是双方同意正式离婚，并对离婚后的财产、子女抚养等问题进行协商的文书。因此，有分居协议不一定能自动离婚，需要经过离婚程序。
在中国，离婚需要满足法律对离婚的规定。如果夫妻一方提出离婚，另一方同意，且符合离婚情况，可以到当地人民法院办理离婚手续。因此，即使已经存在分居协议，当事人也需要到法院办理离婚手续，以确保离婚程序合法有效。
离婚时需要进行合理的财产分割，如果夫妻双方无法达成一致，也需要依据法律进行判决。同时，子女的抚养和监护权也需要考虑和协商，以保证子女的权益。因此，即使存在分居协议，离婚仍需经过法律程序，以保障当事人的利益，避免出现矛盾和争执。
总之，分居协议不能自动离婚，只是在分居期间对夫妻问题的解决提供一些规划和协商的保障。只有经过合法的离婚程序，才能够让夫妻双方彻底结束婚姻关系。
