法院的协议离婚在法律上是有效的。离婚协议是指离婚双方在法院审理离婚案件过程中，达成分割财产、抚养子女、探望子女、赡养老人等各项离婚协议，并由法院依法裁定的一种离婚方式。
协议离婚一般是在离婚的诉讼程序中，由双方协商一致达成的。此时法院的作用是审核离婚协议是否合法、合理，保障当事人的合法权益。如果协议书符合法律规定，经过法院的审查是有效的，法院会以判决书的形式对离婚协议进行正式确认。
协议离婚的优点在于双方自主协商，可以避免诉讼程序中的时间和费用，且可以更好地保护当事人的利益和权益。同时，协议离婚适用于夫妻感情和睦、财产分割等日常常规问题，适用范围广泛。
然而，协议离婚存在弊端，一旦离婚协议被确认，离婚双方就必须按照协议书的内容执行，具有约束力。所以，在离婚时应该慎重考虑，在协商离婚协议书的过程中，应该全面深入、科学合理地考虑到双方的利益以及离婚后的发展和生活方面等。
