协议离婚时处理结婚证的方法有以下几种：
1.交还结婚证：协议离婚后，双方可以将结婚证交还给户籍所在地的婚姻登记机关。如此一来，结婚证就会被注销， 也就是说，两人就彻底解除了法律上的婚姻关系。
2.保管结婚证：有的夫妻并不想完全注销结婚证，因为结婚证是自己回忆婚姻生活的重要证件，也代表了两个人在一起的美好回忆。这时候，两个人可以协商一致，保管结婚证，但需要在结婚证上加盖“离婚”或“无效”章，以示警示。
3.自行破坏结婚证：如果夫妻双方都认为结婚证不重要，也不想再保留，那么夫妻双方可以自行破坏结婚证，决定权在自己手中。这种方法需要夫妻两人一起破坏，一方破坏，另一方不同意注销离婚，结婚关系就无法解除。
无论哪种方法处理结婚证，协议离婚时需要双方一致协商，不得将结婚证私自销毁或毁损。在离婚过程中需要理智对待，否则很可能会因各种误解和不良情绪造成不必要的矛盾和争吵，影响双方家庭关系的和谐程度。
