协议离婚是指夫妻在离婚时，通过协商达成一致的离婚协议，并向法院提出申请的一种离婚方式。对于协议离婚中未成年子女的抚养问题，其处理方式如下：
首先，在离婚协议中要约定对孩子的抚养权问题。对于孩子的抚养问题，主要分为以下几种情况：
1、一方独自抚养：由协议离婚双方协商后确定孩子的抚养方，也就是由其中一方负责独自抚养孩子，并支付相应的抚养费用。其他方面还需要约定探视条件及费用等。
2、共同抚养：协议离婚双方共同抚养孩子，父母双方按比例承担抚养费用，具体由双方协商确定。
3、定期探望：由双方共同约定孩子的探视条件及费用。
接下来，需要将协议离婚协议提交给法院进行审核，经法院审核无误后，法院将裁定协议离婚协议是有效的，双方也就正式离婚了。
需要提醒的是，在处理抚养权问题时，不仅要考虑到孩子的权益，还要考虑到父母的实际情况，以便更好地保证孩子得到尽可能好的照顾和生活。此外，对于离婚后遗留下的一些其他问题，如分割财产等，也需要双方进行协商并在协议离婚协议中予以约定，以避免不必要的法律纠纷。
