南京市协议离婚可到南京市民政局进行办理。具体流程如下：
第一步，准备材料。离婚协议书、双方身份证和户口簿等必要证明材料。其中离婚协议书应由双方自行撰写，内容包括离婚方式、财产分割、赡养子女等细节问题。
第二步，到南京市民政局办理离婚登记手续。双方务必亲自到场，由民政局工作人员审核材料后进行登记。
第三步，领取离婚证。登记完成后，双方可领取离婚证。
需要注意的是，南京市民政局只接受双方协议离婚，如果存在争议或一方不同意离婚，需通过法院进行诉讼。
另外，建议双方在办理离婚前，理性地进行沟通和协商，尽量避免情绪化的处理方式，以免对个人和家庭带来不必要的伤害。
