一种协议分居的方法是夫妻双方签署一份协议书，规定双方在分开住的过程中应该遵守的规则和原则。以下是具体步骤：
1. 了解需要协商的事项：包括分居的具体时间、分居的原因、子女的抚养权和监护权、财产分割等问题。
2. 协商：夫妻双方应当坦诚协商，并站在彼此的立场上思考问题，争取达成一致意见。
3. 编写协议书：按照达成的协议，双方可以拟定一份协议书，明确约定分居期限、居住地址、抚养子女的具体方式、分割财产的原则和方式等。
4. 正式签署：协议书应当由夫妻双方在律师的见证下签署并保留备份。
5. 实施：签订协议书后，双方应当遵守协议内容，按照具体约定执行。如协议书内容需要修改后，应当再次协商并签署书面协议。
需要注意的是，协议书并不等同于法律文件，如果遇到意外情况或者发现协议条款不合理或不公平，双方需要及时寻求律师帮助，保护自己的权益。此外，如果夫妻关系无法修复，也可以通过协商一致离婚来解决问题。
