在协议离婚中，夫妻双方需要就财产分割达成一致。如果夫妻双方共同持有股份，需要根据协议的具体规定进行处理。
首先，双方需要确定股份的所有权。如果股份是夫妻共同所有的，那么他们可以选择将股份卖出并平分收益；或者协商后，一方购买对方股权。如果股份只属于一方，那么他需要向对方支付补偿并购回自己的股份。
其次，夫妻双方需要确定股权转移的方式。如果双方同意卖出股份，那么他们可以选择通过证券交易所或经纪人交易，以确定市场价值。如果双方协商一方购买对方股权，那么他们可以签订股权转让协议，交易的价格应当合理、公正，并需要计算相关税款。
此外，在处理股份分割的过程中，夫妻双方还应当关注股份所有权的变化对公司治理、投票权等方面的影响，并在最终协议中明确各自股份的权利和义务。
总之，协议离婚过程中的股份处理需要夫妻双方综合考虑财产分配、公司治理等方面的因素，确保协议的公平、合理。如果夫妻双方难以达成一致，可以选择请律师参与协调。
