作为一种离婚方式，协议离婚已经在我国得到广泛的应用。在离婚协议中，如果协议双方希望分居三年，那么他们可以按照以下几个步骤来实现：
第一步，协商达成共识：协议离婚实质上是夫妻双方在法律框架下自主选择离婚，并协商达成分割财产、抚养子女、分居等各项具体事宜，因此，在分居三年方面也必须是双方达成共识。
第二步，起草协议书：离婚协议书要落实双方约定的每一个细节和条件，若要达到分居三年的协议，必须在书面协议中明确表示。一般情况下，建议协议书由律师起草，并经双方仔细确认签字确认。
第三步，提交法院审查：协议书签署后，需要向当地人民法院提交，法院会对协议略加审查，核对协议的规定是否违反法律规定并审查是否符合各项法律规定。通常来说，审查流程大概需要一个月左右的时间，如果法院在审查中未发现问题，则会发出离婚证明。
最后需要注意的是，协议离婚的具体程序会因地区而异，最好通过当地法院或律师的建议来进行相关操作。同时，在制定离婚协议时，夫妻双方应当充分考虑为他们未来的生活和子女的成长考虑，以达到合理公平的协议，避免因离婚导致的矛盾和纷争，为双方以及子女的未来生活打下良好的基础。
