如果您和配偶在外地离婚，并且希望通过协议分居两年，需要进行如下步骤：
第一步：与配偶协商达成一致
首先需要和配偶沟通，协商达成一致。您需要共同商议关于财产分割、子女抚养等方面的事宜，并且需要达成书面协议。在协议中需要规定分居的时间、地点，以及两人各自要承担的费用等。
第二步：办理离婚协议书
两位当事人需要在当地公证处或者律师事务所办理离婚协议书。离婚协议书需要涵盖双方所达成的协议，例如财产分割、子女抚养等方面的内容。双方签字并且公证员或者律师需加盖印章。
第三步：到司法机关办理离婚手续
然后需要向当地人民法院提出离婚申请。在提交申请时，需要一同提交离婚协议书。法院会根据协议书的内容指导相关手续，如人身安全保障措施、子女抚养、财产分割等。
第四步：协议分居两年
按照法院裁定，双方接受协议分居后，需要在协议中约定的时间内执行。在这两年的时间里，双方需要保持协议书所规定的时间、地点的居住状况，并承担各自的费用。
总结：在外地离婚协议分居两年，需要双方达成一致，并履行协议书中所约束的义务。最好在办理相关手续的过程中咨询专业人士的意见。
