如果离婚协议中涉及到有两套房产，那么需要在协议中特别注明。
首先，应该确定每个房产的归属。如果两个人共同购买的房产，可以根据购买时的资金出资比例进行划分；如果是一个人独立购买的房产，那么归属就比较明确，由购买人所有。
其次，在协议中需要详细说明各个房产的使用权和产权争议的解决方式。如果两个人都有使用权，需要确定使用时间和方式；如果各自有一套房产，应该注明彼此不得干涉使用对方房产的权利。
此外，还需要考虑到房产的负债情况和可能产生的税费问题。如果两个人有房贷，需要说明如何分担还款责任，并确认还款期限和方式。
最后，需要明确双方对于房产的权利义务，包括但不限于维修及装修费用、物业管理费用、房产税等。
总之，离婚协议对于有两套房产的情况需要注重细节，确保双方的权益得到保障，避免产生后续问题。
