协议离婚是指夫妻双方自行商定离婚条件，并在法律规定的形式和程序下进行离婚的一种方式。在协议离婚中，夫妻双方要经过协商达成一致意见，递交离婚申请，并经过审核后提交给法院审批。
但是，在实际操作中，有时候法院并不会判决协议离婚，可能是因为夫妻双方的协议存在重大缺陷、违反法律规定等问题。如果出现这种情况，夫妻双方应该如何处理呢？
首先，夫妻双方需要了解法院不判决协议离婚的原因，是否是因为协议本身存在问题，需要重新协商达成一致意见，或者是因为法院从事审核，由于公序良俗等方面的原因，无法通过夫妻双方的协议进行判决。只有在清楚了解原因的情况下，夫妻双方才能下一步做出相应的决策。
其次，夫妻双方可以考虑调解或者诉讼解决纠纷。调解是指双方在司法机关的调停下进行协商达成一致，以达到离婚的目的。诉讼则是指夫妻双方通过律师向法院提起离婚诉讼，进行争议的解决。无论是调解还是诉讼，都需要夫妻双方理智的面对问题，无论是在法律规范下进行谈判达成协议，还是在法院的审判下实现离婚，在处理这些问题时，夫妻双方都需要注重保护自己的合法权益。
最后，夫妻双方还可以考虑采用其他方式进行解决。比如可以就房产、财产等财产分割问题进行重新协商，并制定新的协议，如果不行可以通过其他亲属进行协商。尽管选择合适的方式需要能够有一定谈判能力，但这些方式都为夫妻双方提供了一条比较低成本，划算的解决之道。
总之，在协议离婚中，夫妻双方应该充分了解相关法律规定，并且尽可能达成协议，如果法院不判决协议离婚，夫妻双方需要根据实际情况采取相应的方式解决问题。
