如果农村宅基地有两个房产证的情况，一般可能是因为宅基地原本是多个继承人的共有财产，后来因为各种原因分割成了两份，每份都被单独登记了房产证。这种情况下，需要对两个房产证进行整合和归并，以确保该宅基地的产权归属清晰明确。
下面介绍一些处理两份房产证的方法：
1. 合并房产证：如果确实是同一宅基地的两份权属证明，可以联系当地村委会或乡镇政府，要求合并两份房产证。具体步骤是提交相关材料，补齐土地使用证，情况符合的话就可以办理合并，然后取消一份房产证，只保留一份。
2. 申请解除共有，重新登记：如果两份房产证证明的是两份独立的宅基地所有权，则需要通过法律途径解除共有，并重新登记，进行土地承包合同、宅基地使用证等的重新申请。通过法院仲裁或者调解，将宅基地进行划分，并且对分割后的两份宅基地重新登录房产证。
3. 协商自行解决：如果两份房产证的权属争议不大，可以通过双方协商自行解决。双方应当就宅基地使用形式、划分等问题进行讨论，并达成一致意见。然后双方依法向相关部门申请鉴定和注销其中一份房产证。然后，双方再在宅基地上建设房屋，取得相应的土地使用证和房产证。
总体来说，处理两份房产证的方法可以归纳为合并房产证、重新登记和协商自行解决三种。具体哪种方法适用，可以根据自己的实际情况和具体的法律条文来进行决定。不过，无论采用哪种方法，都需要遵循法律规定，确保权属归属清晰明确，避免权属纠纷或其他法律问题的发生。
