工厂拆迁的补偿协议应该包括以下内容：
1. 财产损失补偿：当工厂拆迁之后，原有建筑物、设备、机器等财产受到损害或者无法使用，拆迁方应该给予相应的补偿，包括市场价值、折旧等方面的考虑。
2. 人员安置补偿：当工厂拆迁导致工人失业时，拆迁方需要给予相应的人员安置补偿，包括提供新的就业机会、一次性补贴等等。补偿方案应该与当地的劳动法律法规相符合。
3. 环保及公益事业损失补偿：当工厂拆迁需要消耗一定的环境资源，拆迁方应该进行相应地环保、公益事业损失补偿，包括生态保护、污染治理、公益事业捐赠等等。
4. 其他细节问题：如拆迁期限、付款方式、风险承担等细节问题需要明确规定。
总之，工厂拆迁的补偿协议应该是针对双方利益最大化的方案，同时应该公平、公正、合法，符合法律法规的要求。
