在上海，农村宅基地的管理主要由当地乡镇政府和农村土地承包经营权所在地的县级公安局、县级国土资源主管部门、县级农业行政主管部门以及县级司法部门等多个部门共同负责。
首先，乡镇政府是农村宅基地管理的主体之一。乡镇政府承担了很多管理任务，如制定宅基地管理政策、审批宅基地变更等，并且向申请人发放宅基地证。
其次，县级公安局和农村土地承包经营权所在地的县级国土资源主管部门也是农村宅基地的管理部门之一。公安局主要负责宅基地的保护、监管和维护治安等任务，而县级国土资源主管部门则负责督促农村宅基地的使用和保护，以确保宅基地的合法使用和经营。
另外，县级农业行政主管部门以及县级司法部门也参与了农村宅基地的管理。农业行政主管部门负责指导宅基地的种植和养殖等方面的管理，以保障农村宅基地的生产和经营。而司法部门负责处理涉及宅基地的法律事务，在宅基地管理中发挥重要作用。
总之，上海农村宅基地的管理涉及多个部门和机构，宅基地利用、管理、保护等涉及到的事项需要多个部门一起合作才能完成。针对宅基地管理不合规的情况，各部门都将承担相应的责任。
