在协议离婚中，如果双方有共同的房产，在协议离婚过程中可以冻结房产证。这是因为，离婚过程中，夫妻之间需要进行财产分割，而房产作为夫妻共同所有的财产之一，必须在分割时进行冻结以确保公正的分配。
在协议离婚中，双方达成协议分割财产后，需要进行公证，并提交到房产管理部门进行办理过户手续。在这个过程中，房产证必须被冻结，以确保分割财产的公正和合法性。
如果双方在协议离婚过程中无法达成财产分割协议，那么房产证就不能被冻结。因为在这种情况下，需要通过诉讼方式进行分割，最终由法院判定财产分割。在这种情况下，房产证只能由法院决定如何分割。
总之，在协议离婚中，房产证可以被冻结，以确保夫妻之间财产分割的公正和合法性。但如果双方无法达成协议，就只能通过法院判决来决定财产分割，此时房产证只能由法院决定如何分割。
