长期分居指夫妻在一定时间内未能维持共同生活，但未正式离婚的状况。在这种情况下，根据我国的婚姻法规定，在长期分居满一年后，任何一方可以向人民法院提出离婚申请。因此，对于长期分居的夫妻来说，协议离婚是一个非常有必要的程序。
首先，协议离婚可以帮助夫妻双方合理分割财产。在长期分居的情况下，由于夫妻双方未正式离婚，夫妻共同财产的分配可能会存在争议。协议离婚可以帮助夫妻双方确定财产分配方案，避免因未能达成一致而引发的律师费和诉讼费等成本，从而更好地保护双方的利益。
其次，协议离婚可以使夫妻双方在未来的生活中避免很多不必要的麻烦。协议离婚可以明确夫妻双方对于孩子的抚养、监护、探视等问题的安排，避免夫妻双方在日后因为孩子抚养等问题上的纠葛。另外，在协议离婚中，夫妻双方还可以就日后可能存在的房产分配等问题进行协商，从而避免产生不必要的纠纷。
总之，长期分居的夫妻应该进行协议离婚，以便更好地保护自己的权益并避免不必要的麻烦。在进行协议离婚时，夫妻双方应该认真协商和达成一致，关注自己和孩子的权益，并遵守协议的约定，从而达到和平、方便的离婚目的。
