在东莞市办理协议离婚的流程相对简单，但需要前往以下部门：
1. 婚姻登记管理所：夫妻双方需要到当地的婚姻登记管理所进行协议离婚的登记，需提供身份证件、结婚证、离婚协议书等必要文件。
2. 人民法院：协议离婚需要到当地的人民法院进行确认，需提供婚姻关系证明、离婚协议书、双方身份证件、共同财产清单等必要证明材料。
3. 其他查验机构：如需要对共同财产进行进行评估，需前往评估机构进行评估确认。
总之，协议离婚虽然过程相对简单，但需要双方到多个部门进行确认，所以建议前提查看当地相关规定，准备好各种证明文件，以便顺利办理。
