是的，可以在法院协议离婚。由于中国现行的婚姻法规定，只有在特定情况下才可以离婚。若在婚姻中双方存有不彻底的矛盾，无法实现和解，这种情况下，法院协议离婚就成为了一种常见方式。
具体来说，法院协议离婚是指配偶一方向法院提起离婚诉讼，另一方也同意离婚，并在法庭调解下与对象协议解除婚姻关系。在这种情况下，法院的作用是协调调解，确保离婚过程符合法律规定，并保障离婚双方的权益。如果双方已经达成了一致意见，离婚手续就能更加简洁、快速地完成。
尤其是在保护难度较大的妇女和儿童权益上，法院协议离婚更是起到关键作用，能够避免二次伤害，减少离婚后的不必要矛盾和摩擦。
总的来说，法院协议离婚是法律赋予离婚人的合法选择，但是需要注意的是，即使在协议离婚中，双方也必须遵循国家法律法规，尊重彼此的合法权益，合法地解决各项离婚问题。
