根据我国的《婚姻法》规定，夫妻一方或双方申请离婚时，应当依法向人民法院提起诉讼，并在诉讼进行期间，达成了离婚协议的，人民法院可以根据离婚协议一次性判决离婚。但是需要注意的是，协议离婚也需要经过合法的程序，需要符合相关法律规定。
首先，离婚协议是双方自愿达成的协议，其内容应当符合《婚姻法》的规定，不能违反法律规定和社会公德。比如，离婚协议中约定一方放弃子女抚养权，这样的协议是无效的。其次，离婚协议需要经过公证机构的公证，才能具有法律效力。如果没有经过公证，那么该协议只有民事效力，不具有法律效力。
总之，法院在判决离婚时可以一次性判决协议离婚，但需要考虑协议的合法性和有效性。如果离婚协议符合法律规定，并经过公证机构公证，那么法院可以一次性判决离婚。但如果协议内容存在问题，需要重新协商。
