协议离婚是指双方自愿达成离婚协议，经法院审核后确认离婚的方式。在协议离婚后，离婚证书和相关证件将从下列几个部门发放。
1.民政部门：在协议离婚经过法院确认无异议后，民政部门将发放离婚证书。离婚证书是离婚时必备的证件，需要双方签字、盖章、严格保管，以备日后需要。
2.公安部门：在办理协议离婚时，双方需要提供身份证等有效证件。公安部门将收缴原户口本和身份证，并开具新的户口本和身份证。
3.法院：在协议离婚前，往往需要法院进行调解，以达成离婚协议。如果是步入了诉讼程序，最终离婚协议生效后，法院将发放判决书。判决书也是离婚后至关重要的证件之一。
总之，在协议离婚后，需要关注好以上几个部门，并及时办理好相关证件。离婚证、户口本、身份证、判决书等证件具有极高的重要性，需要妥善保管，以备日后需要。
