上海市民可以在法院、民政局和公证处等机构办理离婚协议。
首先，如果夫妻关系发生矛盾，可选择前往法院办理离婚协议。根据《中华人民共和国婚姻法》的规定，夫妻一方或双方双方可以向当地人民法院申请离婚，经过法院审理后，可以制定离婚协议。上海市内的市级、区级和基层人民法院均设有离婚登记中心，夫妻可以前往离婚登记中心咨询并办理相关手续。
其次，夫妻也可以前往民政局办理离婚协议。根据《婚姻登记条例》的规定，夫妻一方或双方可以向当地民政部门提出离婚申请，民政部门工作人员会将离婚协议文件交给当事人阅读，达成一致意见后签署协议并办理离婚手续。在上海，市级、区级民政局均设有婚姻登记中心，可以前往办理离婚协议。
最后，夫妻也可以前往公证处办理离婚协议。在公证处，夫妻可以选择去办理离婚公证，公证人会核实夫妻双方的身份，以及确认离婚协议内容的真实性和完整性后，签署公证书。公证处在上海也设有市级、区县级和公证所等多个部门，夫妻可以根据自身需要选择前往哪里办理公证。
总之，上海市民可以根据自身需要和情况选择前往不同的机构办理离婚协议。值得注意的是，不同机构的办理流程、条件和手续可能会有所不同，夫妻应当仔细了解相关规定，并咨询专业人士的意见，确保办理离婚协议的过程顺利完成。
